En Cpanel encontrará un icono como este.
Esta sección es el administrador de archivos, aquí puedes subir y descargar archivos.
Para subir:
Si necesitas subir archivos web, deberás hacerlo en la carpeta de public_html, en el menu encontrarás botones para crear carpetas, y el botón "cargar", solo hay que dar clic en "cargar" y arrastrar los archivos ahi, automaticamente empezará a cargar los archivos.